V Mikulově, který švédská vojska obsadila v dubnu roku 1645, se nejvýznamnější knižní kořistí stala dietrichsteinská knihovna, uložená na místním zámku. Tato rozsáhlá sbírka, jejímž hlavním tvůrcem byl kardinál František z Dietrichsteina (1570–1636), obsahovala přibližně 8 000 svazků a ve své době představovala – hned po rožmberské knihovně – druhou největší knižní sbírku v českých zemích. Ještě před jejím odvozem z Mikulova do Olomouce byl patrně za vrchního dozoru válečného rady Alexandra von Erskeina pořízen oborový katalog, který se dodnes dochoval v Královské knihovně ve Stockholmu. Vlastním zpracováním inventáře byl pověřen švédský válečný komisař Johannes Busso, jenž knihovnu během několika týdnů podrobně zinventarizoval. Jeho pečlivě vedený a detailní katalog představuje dnes jedinečný doklad celkové podoby dietrichsteinské knihovny v závěrečné etapě její samostatné existence. Před samotným odvozem byla knihovna uložena do 47 sudů; další dva sudy obsahovaly matematické a astrologické přístroje a glóby, původně umístěné v prostorách zámecké knihovny. Transport knihovny do Olomouce, uskutečněný pravděpodobně v létě roku 1645, zajišťoval na příkaz polního maršála Lennarta Torstensona švédský generálmajor Mortaigne.

V Olomouci, obsazené švédskými vojsky již od roku 1642, byly částečně či zcela zabaveny téměř všechny církevní a klášterní knihovny. Císařský komisař Johannes Busso před odvozem knihy zkatalogizoval, ale olomoucké inventáře se bohužel do dnešní doby nedochovaly. Celkový počet olomouckých knih zabavených jako válečná kořist proto lze pouze odhadovat – pravděpodobně se pohyboval mezi 8 a 9 tisíci svazky. Velitel švédské posádky Valentin Winter odeslal olomouckou knižní kořist ve dvou etapách. Dne 4. listopadu 1646 byla vypravena kapucínská a dietrichsteinská knihovna, zatímco jezuitská, kapitulní a další klášterní knihovny byly expedovány 6. ledna 1647. Přeprava knižní kořisti z Olomouce byla svěřena Wittenbergovu vojsku, které ji během zimy 1646–1647 dopravilo do Hlubčic (Głubczyce), kde zůstala uložena až do jara roku 1647. V důsledku ohrožení Hlubčic císařskými vojsky nechal Wittenberg knihy následně převézt přes Namysłów a Żmigród do Hlohova (Głogów). Zde byly bedny s knihami přeloženy na čtrnáct menších lodí, které přepravily knižní kořist po Odře do Štětína a odtud po moři do Stockholmu. Knižní kořist z Moravy dorazila do Stockholmu na počátku června roku 1647.

V Praze, jejíž levobřežní části – Malou Stranu a Hradčany – obsadila švédská vojska 26. června 1648, se nejrozsáhlejší knižní kořistí stala rožmberská knihovna, přemístěná roku 1647 z Třeboně na Pražský hrad. Součástí švédské kořisti se stal i její původní katalog, dokončený roku 1608 na sklonku života Petra Voka z Rožmberka. Obsahuje záznamy o téměř 10 000 titulech a je dnes uložen ve fondu Královské knihovny ve Stockholmu. Do švédské knižní kořisti z Pražského hradu byly zahrnuty rovněž knihy z bývalé Rudolfovy kunstkomory a jeho osobní knihovny, stejně jako osobní knihovna císaře Ferdinanda III., která se nacházela na Pražském hradě již od 30. let 17. století. Kromě této části kořisti, která byla určena pro švédské království, došlo v Praze k omezené konfiskaci knih také z několika církevních institucí: Strahovského kláštera, profesního domu jezuitů a z pražské metropolitní kapitulní knihovny. Tyto knihy, jejichž množství se ale pohybovalo pravděpodobně v rozsahu několika stovek knih, se staly osobní kořistí Alexandra von Erskeina a Johannese Klee, kteří působili ve švédských službách. Alexander Erskein byl také pověřen přípravou převozu knih z Pražského hradu do Stockholmu, který se uskutečnil před 8. říjnem. Knihy, uskladněné ve třiceti bednách, byly po Vltavě a Labi dopraveny do meklenburské pevnosti Dömitz, kde zůstaly přes zimu uloženy. Obrazová sbírka a císařská kunstkomora opustily Prahu o několik týdnů později, avšak jejich cesty se později na trase znovu setkaly. Na jaře roku 1649 byly knihy převezeny z Dömitzu do Wismaru a odtud následně po moři dopraveny do Stockholmu, kam dorazily v květnu roku 1649.

V roce 1648 darovala královna Kristina I. univerzitě v Uppsale soubor 120 převážně historických děl, která z větší části pocházela z knihoven ukořistěných na Moravě, zejména z dietrichsteinské knihovny a ze sbírek olomoucké jezuitské koleje. Jejich seznam zůstal v univerzitní knihovně dochován. Výměnou královna získala soubor rukopisů, uložených v Uppsale, které pocházely ze starších fází švédských konfiskací. Další knihy pocházející z českých zemí se do Uppsaly dostaly i později, převážně prostřednictvím osobních knihoven švédských aristokratů a úředníků, například Magnuse de la Gardie, Erika Appelgrena a dalších.

Podobně omezený rozsah – 87 svazků – měl i dar královny Kristiny pro nově založenou akademii v Äbo (finsky Turku), realizovaný rovněž v roce 1648. O čtyři roky později získala akademie dalších 315 svazků, ty však již pocházely z českých knižních sbírek pouze zčásti. Ke konkrétnímu složení těchto darů dnes nelze učinit žádné spolehlivé závěry, neboť místní knihovna byla roku 1827 téměř zničena při ničivém požáru.

Nejrozsáhlejší soubor knih získaných v českých zemích darovala královna Kristina I. katedrální knihovně ve Strängnäs. Přestože bylo v 18. století prodáno několik set svazků svazků české provenience v rámci rozsáhlého aukčního prodeje, do současnosti se zde dochovalo 1 649 titulů pocházejících z české kořisti. O tomto daru dlouhodobě přetrvává představa, že jeho jádro tvořily nadbytečné duplikáty z královské knihovny a knihy, o které se Kristina I. osobně nezajímala. Podle všeho se však jednalo o promyšlený akt, v němž sehrál klíčovou roli blízký vztah královny k Johannesovi Matthiae Gothovi, biskupovi ve Strängnäs. Rozsáhlý knižní dar, který katedrální knihovna jeho prostřednictvím obdržela, byl zřejmě výrazem osobních vazeb i respektu, který královna Kristina k jeho osobě chovala. Při výběru knih museli knihovníci ve Stockholmu vycházet z původních katalogů přivezených z Čech, případně vybírat svazky přímo, neboť k celkové reorganizaci sbírek a nové katalogizaci došlo na královském dvoře až v letech 1650–1651. Vzhledem k úzkým vazbám biskupa Matthiae ke královně lze předpokládat, že obsah daru ovlivnil svými konkrétními přáními, případně vydal i rámcový pokyn k jeho složení. Soubor darovaných knih měl výrazně náboženský a zároveň multikonfesijní charakter a nelze vyloučit, že do určité míry symbolizoval, či dokonce manifestoval nadčasové ekumenické postoje, které tento biskup zastával.

Do Västerås se knihy dostaly pravděpodobně až po roce 1650 či 1651, přestože tamní biskup Johannes Rudbeckius žádal švédského kancléře Axela Oxenstiernu o podporu ve formě knižního daru pro nově zřízené gymnázium již ve třicátých letech 17. století. K realizaci této žádosti došlo teprve poté, co do Stockholmu dorazily rozsáhlé knižní soubory z Čech a Moravy. Gymnázium tehdy obdrželo nejméně 550 svazků, lze-li vycházet z dochovaného fondu. Ze skladby dochovaných knih je však zřejmé, že tento knižní soubor nemohl ve větší míře plnit vzdělávací funkci. Spíše to vypadá, že byl poskytnut především proto, aby bylo vyhověno více než dvacet let staré žádosti tamního biskupa a zakladatele gymnázia Johannese Rudbecka, a na obsahu tolik nezáleželo.

Po abdikaci na švédský trůn roku 1654 odcestovala královna Kristina I. do Říma a s sebou si odvezla i část královské knihovny. Výběr knih probíhal v časové tísni a podíleli se na něm především královští knihovníci; povolán byl rovněž bývalý dvorní knihovník Isaac Vossius. První delší zastávkou na cestě do Říma se staly Antverpy, kam Kristina i její knihy dorazily v létě roku 1654. Odtud královna pokračovala v cestě již na konci téhož roku, zatímco její dosud nevybalené knihy zde zůstaly uloženy po dobu téměř dvou let. V období od ledna do května 1655 proběhla jejich první inventarizace, jejímž výsledkem byl tzv. antverpský katalog, dnes uložený ve Vatikánské knihovně v Římě. V jeho první části, zachycující především knihy ze starších akvizic, se nacházejí i svazky původem z českých zemí. Teprve na podzim roku 1656, tedy přibližně rok poté, co Kristina dorazila do Říma, ji následovala i její osobní knihovna dosud deponovaná v Antverpách. V Římě byly knihy od roku 1660 uloženy v paláci Palazzo Riario, který se stal Kristininým sídlem až do její smrti v roce 1689.

Prostřednictvím královského knihovníka Isaaca Vossia, jenž vybudoval rozsáhlou osobní knihovnu, se některé knihy původem z českých zemí dostaly nejprve do Anglie a posléze do Nizozemí. Isaac Vossius získal během svého působení u dvora ve Stockholmu značné množství knih, a to jednak jako formu kompenzace za nevyplacenou mzdu, část však zřejmě nabyl i jinými, méně legitimními způsoby. Jeho knihovna jej následovala na další působiště, nejprve do Haagu, kde setrval do roku 1670, a poté do Londýna, kde působil do roku 1673. Ještě za svého života část knih rozprodal v aukcích, konkrétně v letech 1656 a 1666. Po Vossiově smrti roku 1689 nabízeli jeho dědicové knihovnu univerzitě v Oxfordu, nakonec ji však roku 1690 zakoupila univerzita v Leidenu, a to za cenu, která ji krátkodobě přivedla do finančních obtíží.

Se souhlasem švédského parlamentu daroval roku 1878 král Oskar II. českým zemím soubor vzácných českých rukopisů pocházejících z válečné kořisti. Jednalo se o 21 rukopisů a dva tisky. Jako symbolický protidar obdržela švédská strana soubor luxusních moderních tisků rakouské provenience. Hlavním iniciátorem tohoto ojedinělého diplomaticko-kulturního aktu byl historik Beda Dudík, který od svého studijního pobytu ve švédských knihovnách roku 1851 udržoval intenzivní kontakty se švédským prostředím, zejména s ředitelem Královské knihovny ve Stockholmu Gustavem Edvardem Klemmingem. Celé akci předcházela zdlouhavá jednání, jejichž průběh byl výrazně poznamenán neochotou a liknavostí moravského zemského výboru se do této záležitosti aktivně zapojit. Rukopisy, které Beda Dudík osobně převzal dne 7. června 1878 ve Stockholmu, byly nejprve dopraveny do Vídně, kde si je přál zhlédnout císař František Josef I. Následně byly převezeny do Brna a dne 27. června 1878 uloženy v Moravském zemském archivu.